El secuestro es una de las principales actividades de las FARC, ya sea por fines económicos o políticos (como el de Íngrid Betancourt). La organización ha secuestrado a extranjeros de distintas nacionalidades y colombianos entre civiles y militares de todas las edades.
Algunos secuestrados cumplen más de 10 años en cautiverio.Uno de los casos más conocidos a nivel mundial es el secuestro de la ex candidata presidencial colombiana Íngrid Betancourt, quien fue secuestrada en medio de su campaña presidencial.
Según los relatos y pruebas recolectadas, cada secuestrado en poder de las FARC es encadenado durante varias horas al día y supervisado por un guerrillero, con órdenes de asesinarlo en el caso de un intento de rescate militar; un ejemplo del cumplimiento de esa orden fue el fracasado intento de rescate del asesor de paz de Antioquia Gilberto Echeverry Mejía y del Gobernador de Antioquia Guillermo Gaviria que fueron asesinados como reacción al hostigamiento del ejército, según relataron sobrevivientes.
El día 18 de junio de 2007, las FARC reportaron la muerte de 11 de 12 diputados del Valle del Cauca, luego de haberlos tenido secuestrados durante 5 años. Según el grupo guerrillero, los diputados murieron durante el fuego cruzado que se habría presentado en medio de un combate con un «grupo militar no identificado». La guerrilla culpó a la «intransigencia» del gobierno de Álvaro Uribe. Human Rights Watch responsabilizó de manera directa a las FARC por la muerte de los secuestrados. Amnistía Internacional y ONGs de derechos humanos, repudiaron la muerte de los diputados y responsabilizaron a las FARC por mantenerlos en cautiverio y ponerlos en peligro. Ángela Giraldo, hermana del diputado Francisco Giraldo, le exigió al gobierno acceder al despeje de Pradera y Florida. El presidente colombiano acusó a las FARC de asesinar a los diputados y negó cualquier participación de las fuerzas militares en los hechos. Posteriormente se demostró que los 11 secuestrados fueron asesinados por disparos de fusiles AK- en cumplimiento de previas órdenes de ejecución en caso de un intento de liberación, órdenes de la cúpula de las FARC.
