Originalmente, los guerrilleros de las FARC se oponían al cultivo de la coca. Durante la década de 1980 lo aceptaron, participando en el narcotráfico a través de la creación de un «impuesto» (el llamado gramaje) sobre los cultivos ilícitos, aplicable a los campesinos cultivadores. Al mismo tiempo, presentaron propuestas para una posible sustitución de cultivos. Posteriormente las FARC diversificarían su actividad más allá de la regulación de los cultivos, cobrando «impuestos» a las actividades de los carteles de la droga, incluyendo a los laboratorios y las pistas de aterrizaje clandestinas.
Para el 2005, la Unidad de Información y Análisis Financiero (UIAF) del Ministerio de Hacienda de Colombia, estimaba que el porcentaje del dinero embolsado por las FARC procedente de los «impuestos sobre el gramaje» era alrededor de un 30% de sus ingresos totales, siendo estos de unos $600 millones de dólares durante el año 2003. Según los estimativos de la UIAF, el secuestro y la extorsión ganadera constituyen todavía las principales fuentes de financiación de las FARC.
La relación de las FARC con los cárteles de la droga ha sido controvertida. El grupo guerrillero niega rotundamente que participen en el negocio de las drogas más allá del «impuesto de gramaje» a la cultivación. Tanto el Gobierno de Colombia como el de EE.UU. afirman que las FARC actúan como un gran cartel. Existen analistas políticos que niegan que las FARC sean un grupo de narcotraficantes propiamente dicho, aún si existen relaciones entre el grupo guerrillero y las actividades del narcotráfico. El politólogo León Valencia ha afirmado que «hasta ahora ninguna de las personas que han estudiado este fenómeno han encontrado que las Farc trafican con drogas a EE.UU., o que directamente las introduzcan».
En Colombia y en EE.UU. se han iniciado procesos penales acusando a miembros de las FARC de delitos relacionados con el narcotráfico, basándose en testimonios de personas identificadas como reinsertados y colaboradores, interceptaciones de radio grabadas y documentos emitidos por las FARC.
En febrero de 2007, la extraditada Nayibe Rojas, conocida como «Sonia» en las FARC, y otras dos personas fueron declaradas culpables de narcotráfico por un jurado en una corte de los Estados Unidos. «Sonia» había sido acusada por los fiscales estadounidenses por cargos relacionados con el tráfico de drogas hacia ese país. La defensa de «Sonia» insistió en que ni ella ni las FARC participan en el tráfico de drogas, afirmando en cambio que le cobran un impuesto a la producción de coca. Existen analistas que consideran a estos juicios como una estrategia de presión para forzar a las FARC a negociar un proceso de paz con el Gobierno Colombiano.
